En la piel de un hombre sin pasado pero con poderes impresionantes, Prototype nos presenta una ciudad para destruir a nuestro antojo. Diversión, acción, impresionantes poderes y mucha sangre son los ingredientes de un juego único, pese a no explotar todo su potencial latente.

La ciudad de Nueva York se ha visto afectada por un virus desconocido, que ha provocado que se evacuase la zona. Nuestro protagonista, Alex Mercer, llega a la ciudad después de escaparse de un laboratorio donde unos científicos parecían estar experimentando con él. Poco a poco, va siendo consciente de los poderes que tiene, y aunque la amnesia le impide saber quién o qué es, podrá absorber los recuerdos y la mente de sus enemigos; gracias a ello, será capaz de ir juntando las piezas del puzzle y recuperar su propio pasado. Mientras todavía está sufriendo por acostumbrarse a sus habilidades, se encuentra con su hermana, Dana Mercer, quien le ayudará a localizar a los responsables de todo cuanto le ha ocurrido.

Tan sencillo como el argumento del juego es su planteamiento. Prototype es muy simple en cuanto a modos de juego, presentándonos un modo historia central para un jugador, en el que podemos vagar libremente por el mundo, una versión virtual de Manhattan. Tendremos, como es lógico, las misiones principales de la historia, pero además, un amplio abanico de retos y misiones secundarias.